Au XIXe siècle, un combat recommence: celui de Dieu contre le Comte Millénaire. Celui-ci, accompagné des Noah, veut effacer le Dieu. Qu'aller vous décider? Lutter aux côtés de l'Ordre? Ou combattre avec le Comte Millénaire?
Avant-Propos
L'histoire commence au XIXe siècle, dans une époque assez sombre et fantastique. Sombre car une nouvelle guerre se déroule entre le Comte Millénaire et les Exorcistes. En effet, les Akumas (armes créées par le Comte Millénaire dit le "Créateur") se multiplient, détruisent la planète et tuent plusieurs humains. La "recette" pour créer des Akumas est "âme", "tragédie" et "mécanisme", et c'est comme cela qu'ils se multiplient grâce au Créateur. La cause de tout cela est le désir du Comte Millénaire: tuer "l'infect Dieu" et causer la perte de la planète avec l'aide des Noah, descendants de Noé.
Pour contrer le Comte Millénaire et ses alliés, une organisation appelée la "Congrégation de l'Ombre" fut créée par le Vatican. Cette dernière recrute les exorcistes, êtres dotés de l'innocence qui peuvent détruire les Akumas grâce à celle-ci. Les exorcistes ont le devoir de récupérer les innocences avant que les Noah ne les détruisent, mais aussi de détruire les Akumas et ainsi libérer leurs âmes prisonnière dans le corps mécanique de l'Akuma, un corps crée par le Créateur...